Нормативные правовые акты Правительства РФ, устанавливающие функции и полномочия Министерства транспорта РФ, приведены в соответствие с новой структурой федеральных органов исполнительной власти, утвержденной Указом Президента РФ от 12 мая 2008 года N 724

Минтранс РФ наделен дополнительными функциями по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере использования воздушного пространства и аэронавигационного обслуживания пользователей воздушного пространства РФ, а также авиационно-космического поиска и спасания. В ведение Минтранса РФ передана Федеральная аэронавигационная служба, ранее находившаяся непосредственно в ведении Правительства РФ, и переданы ее полномочия по принятию соответствующих нормативных правовых актов. В то же время из функций Минтранса РФ исключена функция по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере геодезической и картографической деятельности, а также наименований географических объектов. Из ведения Минтранса РФ исключено Федеральное агентство геодезии и картографии.